吉林将军衙门始设于顺治十年(1653年),清廷任命沙尔虎达为昂邦章京,海塔和尼噶礼为梅勒章京,镇守宁古塔等处地方。康熙元年(1662年),“宁古塔昂邦章京”正式改为“镇守宁古塔等处将军”,简称“宁古塔将军”,任命巴海为将军。康熙五年(1666年),宁古塔将军治所迁至宁古塔;康熙十五年(1676年),宁古塔将军奉旨移驻船厂;乾隆十五年(1750)十二月十九日,宁古塔将军衙门及所属部门的关防,一律改铸“船厂”字样,“镇守宁古塔等处将军”改称为“镇守船厂等处将军”。乾隆二十二年(1757)二月,“吉林将军印信内,汉书船厂二字,应改为吉林,并书清字,交礼部铸给……”,“镇守船厂等处将军”正式改为“镇守吉林等处将军”。吉林将军衙门下设吉林、宁古塔、伯都讷、阿勒楚喀、三姓、珲春等城副都统,协助将军管理驻防事务及八旗事务。
光绪三十三年(1907),随着清政府对东北地区管理体制和地方官制的改革,设立吉林行省,吉林将军从此退出历史舞台。光绪三十四年(1908)正月十九日,“吉林省印”正式启用。宣统元年(1909年),裁撤副都统衙门,设西南、西北、东南、东北四个路道,并增设府、州、厅、县等地方统治机构。
从宁古塔昂邦章京设置到吉林将军裁撤254年间,吉林地方历92任将军,将军既是吉林地方最高军政长官,也是最高行政长官,对所辖地区负有“缮固镇戍、绥和军民、秩祀山川、辑宁边境”之责,以“军府之规”行“旗民之治”。吉林将军衙门设有户司、兵司、刑司、工司、印务处等专门负责管理各项事务。吉林行省设有民政司、交涉司、度支司、提学司、提法司、劝业道、文案处和旗务处。历任有影响的吉林将军为阿喇善、秀林、富明阿、铭安、希元、长顺等,改设行省之后,首任吉林巡抚朱家宝,继任陈昭常直至清亡。
吉林将军衙门现存档案10万余卷(件),以折件居多,包含满文、汉文、满汉合璧等语种。档案起止时间自乾隆十九年(1754年)至宣统三年(1911年),该全宗档案数量庞大、内容丰富,反映了150余年间吉林将军衙门行政管理、财税金融、文教卫生、民政、军事、司法、实业、教育、礼俗以及清末各阶层人民群众的反抗斗争等。