吉林省档案馆馆藏丰富、载体多样，档案形成年代最早可追溯至1754年（清乾隆十九年），具体分为五个部分：

1.清代档案

自1754年至1911年，主要为清末吉林将军衙门及其所属机构形成的官方文书、图表、上谕、奏折等，内容涵盖行政区划、办厂采矿、移民实边、灾情田赋、兴办教育等。

2.民国时期档案

自1912年至1931年九一八事变前，主要为吉林省政府及所属各厅（局）等形成的档案，涉及机构设置、实业兴办、教育改革等，真实地记录了这一时期吉林省政治、经济、军事、司法、外交、实业、交通、财税、教育等史实。

3.伪满时期档案

自1931年至1945年，主要为伪满洲国各部、日本关东宪兵队司令部、伪满金融机构等形成的档案，这些档案较为全面、真实地记录了日本帝国主义对我国东北政治统治、军事侵略、经济掠夺、殖民文化以及伪满洲国的各种活动。

4.革命历史档案

自1923年至1949年，主要为中共满洲省委及各级组织、革命群众团体等形成的档案，反映中国共产党领导下的政权、军队、群众团体革命斗争历程。

5.中华人民共和国建国后档案

新中国成立以来吉林省党政机关、社会团体、企事业单位形成的档案，比较全面系统地反映了吉林人民在党的领导下在社会主义革命和建设时期、改革开放和社会主义现代化建设新时期、中国特色社会主义新时代取得的发展成就。